NCBI/Sequences

Ćwiczenie I*
Wpisy GenBanku
  1. wejdź na stronę NCBI/Nucleotide Przy pomocy mechanizmu zapytań odnajdź sekwencję AC009453:
    • jak często była ona zmieniana ?
    • do jakiej podgrupy sekwencji w GenBanku należy ?
    • kiedy po raz pierwszy wprowadzono ten wpis ?
    • z ilu części wtedy składała się sekwencja ?
Ćwiczenie II
Szukanie zbiorów sekwencji
  1. wejdź na stronę NCBI/Nucleotide Przy pomocy mechanizmu zapytań dowiedz się (skorzystaj z opisu pól):
    • ile sekwencji ryżu jest aktualnie dostępnych w bazie nukleotydów ?
    • ile z tych sekwencji to sekwencje genomowe ?
    • ile z tych sekwencji to etykietki ekspresyjne ?
    • ile z tych sekwencji jest opatentowanych ?
    • ile z tych sekwencji wchodzi w skład referencyjnej bazy danych RefSeq ?
  2. spróbuj odnaleźć zbiorczy raport podsumowujący dostępne dla ryżu sekwencje (wskazówka: skorzystaj z serwisu Taxonomy)
Ćwiczenie III
Pozyskiwanie wielu sekwencji

Odzyskaj z bazy danych NCBI sekwencje o podanych numerach gi. Za pomocą PSCP przekopiuj sekwencje w formacie FASTA na klaster.
Ćwiczenie IV*
Taxonomy Browser

Obecnie jest dostępnych wiele danych o dwu gatunkach nicieni Filaroidea będących pasozytami człowieka. Dowiedz się ile sekwencji DNA reprezentantów nadrodziny Filaroidea jest znanych i określ które z nich są pasożytnicze.  Ile sekwencji białkowych i nukleotydowych dla tych gatunków poznano do tej pory ? Jakiego typu sekwencje są najliczniej reprezentowane wśród sekwencji nukleotydowych ?
Ćwiczenie V*
Zaawansowane przeszukiwanie
  1. Odszukaj pochodzący z bazy danych SwissProt rekord zawierający białkową sekwencję białka CFTR (cystic fibrosis) [użyj jako zapytania identyfikatora CFTR_HUMAN]
  2. Przejrzyj rekord i przyjrzyj się adnotacjom.
    • Jak wiele innych rekordów jest powiązanych z tym?
    • Ile jest powiązanych odniesień literaturowych ?
    • Jak często mukowiscydoza pojawia się w populacjach ludzkich?
  3. użyj tablicy FEATURES (format GenPept) aby zlokalizować naturę najczęstszej mutacji zachodzącej w tym genie.
  4. porównaj znalezioną adnotację do tych w rekordzie RefSeq NP_000483 i odpowiadającym mu rekordzie M28668.
  5. skorzystaj z zakładki BLink w wynikach poszukiwania CFTR_HUMAN aby poznać spokrewnione białka. Użyj przycisku BestHits aby odnaleźć homolog z ryby Fundulus heteroclitus. Jaką funkcję ma ten homolog ?
  6. CFTR zawiera konserwowane domeny homologiczne do bakteryjnych białek transportujących. Te homologi nie pojawiają się w raporcie BLink (tylko 200 najlepszych wchodzi w skład raportu). Użyj linku "Related sequence" żeby odnaleźć homologi bakteryjne (skorzystaj z Historii aby ograniczyć zbiór tylko do nich). Ile jest homologów u bakterii ? Ile wszystkich?
* - ćwiczenia tłumaczone za: NCBI Problem Set