Ćwiczenie I*
|
Wpisy GenBanku
- wejdź na stronę NCBI/Nucleotide
Przy pomocy mechanizmu zapytań odnajdź sekwencję AC009453:
- jak często była ona zmieniana ?
- do jakiej podgrupy sekwencji w GenBanku należy ?
- kiedy po raz pierwszy wprowadzono ten wpis ?
- z ilu części wtedy składała się sekwencja ?
|
Ćwiczenie II |
Szukanie zbiorów sekwencji
- wejdź na stronę NCBI/Nucleotide
Przy pomocy mechanizmu zapytań dowiedz się (skorzystaj z opisu
pól):
- ile sekwencji ryżu jest aktualnie dostępnych w bazie
nukleotydów ?
- ile z tych sekwencji to sekwencje genomowe ?
- ile z tych sekwencji to etykietki ekspresyjne ?
- ile z tych sekwencji jest opatentowanych ?
- ile z tych sekwencji wchodzi w skład referencyjnej bazy
danych RefSeq ?
- spróbuj odnaleźć
zbiorczy raport podsumowujący dostępne dla ryżu sekwencje
(wskazówka: skorzystaj z serwisu
Taxonomy)
|
Ćwiczenie III |
Pozyskiwanie wielu sekwencji
Odzyskaj z bazy danych NCBI sekwencje o podanych numerach
gi.
Za pomocą PSCP przekopiuj sekwencje w formacie FASTA na klaster. |
Ćwiczenie IV*
|
Taxonomy Browser
Obecnie jest dostępnych wiele danych o dwu gatunkach nicieni Filaroidea będących pasozytami
człowieka. Dowiedz się ile sekwencji DNA reprezentantów
nadrodziny Filaroidea
jest znanych i określ które z nich są pasożytnicze. Ile
sekwencji białkowych i nukleotydowych dla tych gatunków poznano
do tej pory ? Jakiego typu sekwencje są najliczniej reprezentowane
wśród sekwencji nukleotydowych ?
|
Ćwiczenie V*
|
Zaawansowane przeszukiwanie
- Odszukaj
pochodzący z bazy danych SwissProt rekord zawierający białkową
sekwencję białka CFTR (cystic fibrosis) [użyj jako zapytania
identyfikatora CFTR_HUMAN]
- Przejrzyj rekord i przyjrzyj się adnotacjom.
- Jak wiele innych rekordów jest
powiązanych z tym?
- Ile jest powiązanych odniesień literaturowych ?
- Jak często mukowiscydoza pojawia się w
populacjach ludzkich?
- użyj tablicy FEATURES (format GenPept) aby
zlokalizować naturę najczęstszej mutacji zachodzącej w tym genie.
- porównaj znalezioną adnotację do tych w
rekordzie RefSeq NP_000483 i odpowiadającym mu rekordzie M28668.
- skorzystaj
z zakładki BLink w wynikach poszukiwania CFTR_HUMAN aby poznać
spokrewnione białka. Użyj przycisku BestHits aby odnaleźć homolog z
ryby Fundulus heteroclitus. Jaką funkcję ma ten homolog ?
- CFTR
zawiera konserwowane domeny homologiczne do bakteryjnych białek
transportujących. Te homologi nie pojawiają się w raporcie BLink (tylko
200 najlepszych wchodzi w skład raportu). Użyj linku "Related sequence"
żeby odnaleźć homologi bakteryjne (skorzystaj z Historii aby ograniczyć
zbiór tylko do nich). Ile jest homologów u
bakterii ? Ile wszystkich?
|
* - ćwiczenia tłumaczone za: NCBI
Problem Set
|