Nejlevnější a nejefektivnější cesta ochrany proti rakovině stonků je hluboké a pečlivé zaorání zbytků rostlin, které jsou hlavním zdrojem infekce, protože se na nich vytvářejí plodničky houby
Fungicidy doporučené k ochraně proti rakovině stonků podle Institutu Ochrany Rostlin (Doporučení pro Ochranu rostlin pro roky 2004/2005)

Fungicid	Dávka l nebo kg / ha
Alert 375 SC	0,6-1,2
Caramba 60 SL	1-1,5
Horizon 250 EW	0,5-1
Karben 500 SC	0,5-0,7
Orius 250 EW	0,75-1
Sarfun 500 SC	0,4-0,8
Siarkol K 85 WP	3-4
Siarkol K 1000 SC	2,5-3
Sportak Alpha 380 EC	1,5-2
Tiowol K 500 SC	5-5,5

Tyto fungicidy mohou být použity také k ochraně proti plísni šedé a cylindrosporióze.